A história do Bairro começa no final do século 17, com a construção das
Oficinas da Pólvora, atual Quartel dos Aflitos,
concluído em 1705.
Oseas de Araújo, em suas Notícias sobre a Polícia Militar da Bahia no Século XIX (1949), citou que o Quartel do Aflitos foi mandado edificar em 1639, mas há problemas em suas referências (veja História do Quartel dos Aflitos).
Em meados do século 18, as Oficinas da Pólvora foram transformadas em hospedagem e hospital para estrangeiros.
Em 1748 foi inaugurada a Igreja dos Aflitos. Como é tradição, em Salvador, a Igreja deu nome ao Bairro.
No século 18, existiu também a Casa dos Fogos de Artifício, referida por José de Mirales (História Militar do Brasil, ....1762) e representada por Vilhena, em 1801. Ficava mais ou menos no lugar do Edifício Ceres (veja abaixo).
No final do século 18, as antigas Oficinas da Pólvora eram referidas como Casa da Pólvora ou Casa do Trem.
Em 1810, foi inaugurado o Passeio Público, em área vizinha ao bairro, junto à Casa do Trem. No século 19, o Passeio Público era o mais encantador espaço de lazer de Salvador.
Em fevereiro de 1822, durante o Movimento Constitucionalista, os Aflitos foram envolvidos em intenso combate, com fogo de artilharia vindo da Casa do Trem. Pelo menos cinco canhões estavam nos Aflitos, três na Casa do Trem e dois no adro da Igreja, protegendo a Ladeira.
Em meados do século 19, o Largo dos Aflitos era referido como Campo dos Afflictos. Foi nessa época que o bairro recebeu uma série de melhoramentos.
Em 1860, o adro da Igreja e o Campo foram terraplenados por africanos livres, sob a direção de José de Barros Reis. No mesmo ano, foram plantadas as palmeiras do Largo. A partir dessa época, o Campo passou a ser chamado de Largo dos Afflictos.
Em junho de 1866, o Largo recebeu quatro novos combustores (lampiões). A Ladeira dos Aflitos também foi iluminada com lampiões. Em novembro de 1888, inaugurou-se uma linha de bonde ligando o Canela aos Aflitos.
Em 1913, o Largo dos Aflitos abrigava a Escola de Aprendizes Artífices da Bahia, criada em 1909, atual IFBA, com sede no Barbalho. O Almanak Laemmert registrou o endereço dessa escola nos Aflitos até 1929.
Em 1931, o mesmo almanaque registrou que a Inspetoria Agrícola Federal tinha sede no Largo dos Aflitos. Em 1951, foi inaugurado o Edifício Ceres (foto abaixo), sede da Seção de Fomento Agrícola Federal, entre o Quartel e a Igreja, atualmente a Superintendência Federal de Agricultura na Bahia.
No início dos anos '60, foi inaugurada a Avenida Contorno, tornando mais rápido o acesso aos Aflitos. Em contrapartida, a Gamboa perdeu muito de seu espaça.
Por volta de 1970, o Largo dos Aflitos abrigava o Consórcio Rodoviário Intermunicipal da Bahia, criado em 1966, responsável por grande ampliação do sistema rodoviário do Estado.
Em 1982/3, o Largo recebeu nova urbanização e o Chafariz da Cabocla, que estava na antiga Praça Reis Católicos. Esse Chafariz foi inaugurado na Piedade, em 1856.
A partir de 2000, o Largo recebeu melhoramentos.
O adro da Igreja é a Praça Mirante dos Aflitos, com bela vista para a Baía de Todos os Santos.
Curiosidade: Durante boa parte do século 20, o Largo dos Aflitos era oficialmente a Praça Padre Aspicuelta Navarro, em homenagem a um dos quatro primeiros jesuítas a chegarem com Thomé de Souza e aquele que primeiro traduziu parte da Bíblia para o tupi.
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